Nexus 9 พบปัญหาในด้านการผลิต แสงลอดใต้จอ ฝาหลังยวบ ปุ่มกดขยับ (ลือว่า HTC กำลังแก้ไข)
หลังจาก Nexus 9 วางขายได้ไม่นานก็พบว่ามีผู้ใช้หลายคนเจอปัญหาในเรื่องของการผลิตหลายอย่าง บางคนเจออาการแสงลอด (Backlight bleed) ฝาหลังยุบยับ กดได้ยุบๆ เด้งๆ (Squishy backside) และปุ่มเปิดเครื่องกับปุ่มปรับเสียงขยับได้ (Key travel) ซึ่งบางคนก็เจอแค่อาการเดียว แต่บางคนเจอแจ็คพ็อต 3 อาการในเครื่องเดียว :|